Igor Němec vstoupil do politiky v roce 1990, kdy byl zvolen poslancem do sněmovny národů Federálního shromáždění ČSSR za Občanské fórum. Byl tajemníkem rozpočtového výboru Sněmovny.
V letech 1991 až 1993 působil jako ministr české vlády premiéra Petra Pitharta. V této funkci mj. prosadil vrácení nemovitého majetku KSČ státu a podílel se na přípravě zákona o státní kontrole, který platí dodnes.
Vroce 1992 byl jako lídr ODS zvolen za Prahu do sněmovny lidu Federálního shromáždění ČSFR. Stal se ministrem vlády premiéra Václava Klause. Zabýval se přípravou zákona o Nejvyšším kontrolním úřadě a transformací tehdejšího ministerstva státní kontroly do tohoto úřadu.
V letech 1993 až 1996 působil ve funkci ministr-vedoucí Úřadu vlády ČR. Zároveň byl jmenován předsedou Rady vlády pro vědu a výzkum. Kromě jiného připravil koncepci státní podpory vědy a výzkumu, ve které byl stanoven cíl věnovat 0,7 % hrubého domácího produktu ročně pro vědu. Tento cíl převzaly všechny následující vlády a řídí se jím dosud.
Od roku 1996 do roku 1997 pracoval jako předseda Úřadu pro státní informační systém. V letech 1997 se stal poslancem Parlamentu ČR. Byl členem zahraničního výboru Poslanecké sněmovny.
Od roku 1998 je Igor Němec zastupitelem hl.m. Prahy a členem Rady hl.m. Prahy pro kulturu, tělovýchovu, církve a náboženské společnosti, pro veletrhy a výstavnictví a pro cestovní ruch. V červenci 2002 byl zastupitelstvem zvolen primátorem hlavního města Prahy.
V komunálních volbách v listopadu 2002 byl Igor Němec opět zvolen do Zastupitelstva hlavního města Prahy. Na post primátora nekandidoval. Znovu se však stal radním pro kulturu, církve a cestovní ruch.
V srpnu roku 2005 Igora Němce zvolil Senát novým předsedou Úřadu na ochranu osobních údajů (ÚOOÚ). Volbu potvrdil prezident republiky oficiálním jmenováním. Své funkce v ÚOOÚ se I. Němec ujal 1. září. Funkční období předsedy Úřadu je 5 let. Od 1.září 2005 není členem žádné politické strany.
Do svého druhého funkčního období Igora Němce zvolil Senát 70 hlasy ze 75 opět předsedou Úřadu na ochranu osobních údajů. Volbu potvrdil prezident republiky oficiálním jmenováním. Své staronové funkce se I. Němec ujal 1. září 2010.
Po 5 letech v roce 2015 jeho mandát skončil s tím, že potřetí za sebou ze zákona nelze kandidovat. Nyní pracuje jako poradce a konzultant v oblasti ochrany osobních údajů jako je problematika GDPR a DPO.